胃肠疾病方面：食道炎、慢性胃炎、消化性溃疡、慢性肠炎以及食道癌、胃癌、肠癌的诊断及治疗。在内镜治疗方面，上消化道出血内镜电凝止血、电凝电切除胃肠道息肉内镜下治疗、胃肠镜镜下黏 膜下切除术（EMR）及黏膜下剥离术（ESD）、置入食管支架治疗食管癌等。
功能性胃肠病方面：动力障碍引起的胃肠疾病，如肠易激综合征和、能性消化不良、老年性便秘诊疗。胃肠动力检测室开展C13/C14呼气试验检测幽门螺杆菌。
肝胆胰疾病方面：慢性乙型肝炎、肝硬化、酒精性肝病、脂肪肝、急慢性胆囊炎的诊治。开展射频消融术治疗原发性肝癌。对胰腺疾病，如急性胰腺炎的早期诊断治疗、胰腺癌的早期诊断方面达到国内一流水平，本科对急性重症胰腺炎的抢救成功率达91%。
消化道肿瘤方面：本科室长期以来致力于消化道肿瘤早期诊断与治疗，结合多种新型内镜技术，如色素内镜、放大内镜等技术，及肿瘤相关抗原测定，如胃蛋白酶原测定，提高早期胃癌诊断水平。
小肠疾病方面：由于小肠位置较深、冗长、褶皱多、蠕动快等独特的解剖特点，多年以来一直是消化内科检查的盲区。本科室拥有先进的进口小肠胶囊内镜诊断系统，可清晰探察整个胃肠道，是国际公认诊断不明原因消化道出血、慢性腹痛、小肠疾病以及其他肠道疑难疾病的最佳诊断方法。
危重病人抢救：近3年来，本科室多次参与工伤抢救，其中重大工伤6次，对工伤抢救的成功起了重要作用。由本科室抢救上消化道大出血、急慢性重型肝炎、肝性脑病、急性重症胰腺炎的成功率均在90%以上。
研究方向：
无痛电子胃镜、肠镜检查，胶囊内镜检查，超声内镜，胃肠功能检测，C14幽门螺杆菌检测，胃蛋白酶原检测，食管良恶性狭窄扩张治疗及支架植入，原发性肝癌超声引导下射频消融微创治疗及导管介入化疗，消化道早癌的发现及治疗，胃肠道病变的内镜下治疗如胃肠镜镜下黏膜下切除术（EMR）及黏膜下剥离术（ESD）。
设病床30张，门诊设在门诊楼三楼东侧7号诊室,年门诊量1.2万，出院病人2千余人次，开展内镜下三四级手术500余例。科室现有医务人员7名、护理人员12名，其中副高级以上医疗技术人员2人，济宁医学院副教授2名，研究生以上学历4人。
配备有日本进口奥林巴斯电子胃镜6台，包括放大内镜、治疗内镜，Q260十二指肠镜1台，Q260、HQ290、H290I电子肠镜各1台；富士能EG450电子胃镜2台，电子肠镜1台；超声内镜1台；以色列进口胶囊内镜诊断系统1台；德国进口Erbe氩气及高频刀设备1套；肯格王洗消设备1套；飞利浦多功能监护仪6台； QMT800免疫定量分析仪1台等先进设备。
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