老年病科是济宁地区首家开展各种老龄慢性病治疗科室，科室以老年医学为特色，开展老年综合评估，进行各类老年内科疾病预防、诊治及后期康复，并擅长中毒及缺氧性疾病等诊治。有多病同治或主治一病、兼治其余的特点。设有康复区，有电动起立床、功率自行车等设备，有专业康复师提供技术指导，集医疗、康复、保健指导为一体。科室拥有24小时血压监测、心电遥测、心电监护仪等医疗设备，并有邹城地区唯一的10座以上高压氧舱，
职业病科室在呼吸系统疾病、消化系统疾病和职业性疾病诊治方面有丰富的临床经验，是兖矿集团唯一指定的职业病收治定点医疗机构。作为邹城市最早开展无痛胃肠镜的临床科室，在无痛胃肠镜检查和镜下治疗方面有较大影响力，在济宁地区率先取得儿童内镜操作许可证。
济宁市重点专科，目前是中国肝炎防治基金会授予的“核苷经治患者特色门诊”、“干扰素临床实践基地”、“乙肝临床治愈项目医院”，同时也是山东省感染发热疾病诊疗专科联盟常务理事单位，是兖矿集团唯一定点收治传染病及各类肝病的特色专科，
兖矿新里程总医院健康管理中心的前身是兖矿集团总医院体检中心,位于邹城市公园路，成立于2005年，经过2015年、2019年两次大规模升级改造
康复医学中心是中西医结合、医教研一体的综合科室，济宁市重点专科、康复医师转岗培训基地、济宁市康复专科联盟、齐鲁康复联盟、邹城残联定点医疗机构。
兖矿新里程总医院在东院区开设的医养结合机构，是济宁地区长期护理险定点服务机构。本中心以三甲医院强大医疗技术力量为依托，主要为失能、半失能老人提供专业的医疗护理和全面的生活照护。
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